本記事は2026年4月時点の情報をもとに執筆しています。実際の申告では国税庁の最新案内をご確認ください。
「今年こそ確定申告をしなければ」と思いながら、どこから手をつければよいか迷っていませんか。
年末調整を会社に任せている会社員でも、医療費がかさんだ年や、初めて住宅を購入した年、副業収入が増えてきた年は、自分で確定申告が必要になります。手続きが複雑に感じて後回しにしてしまう気持ちは、よくわかります。
本記事では、2026年4月時点の制度・手順をもとに、会社員がよく直面する4つのケース（医療費控除・住宅ローン控除1年目・副業・ふるさと納税）について、e-Taxを使った申告手順をわかりやすく解説します。マイナポータル連携やスマホ申告の準備方法も含め、手順をひとつずつ確認していきましょう。
なお、2025年10月1日よりe-TaxのID・パスワード方式の新規発行が停止されています。これからe-Taxを始める方は、マイナンバーカードを使った申告方法が原則となります（出典: 国税庁 e-Tax「ID・パスワード方式の届出完了通知の送付停止について」）。
そもそも会社員はいつ確定申告が必要になるのか
会社員の場合、毎年12月に会社が行う「年末調整」で、給与所得に関する税金の精算は原則として完了します。ほとんどのケースでは、個人が改めて確定申告をする必要はありません。
しかし、次のような事情がある年は、年末調整だけでは対応できず、自分で確定申告が必要になります。
- 医療費が年間10万円（または総所得金額の5%）を超えた
- 住宅ローンを利用して住宅を取得した（初年度のみ）
- 給与以外の所得（副業など）が年間20万円を超えた
- ふるさと納税でワンストップ特例を使わなかった（または使えなかった）
- 災害・盗難などで雑損控除を受けたい
- iDeCo（個人型確定拠出年金）の申告漏れがある
逆に、払い過ぎた税金を取り戻す「還付申告」は、申告義務がない方でも申告でき、申告期限（令和7年分は2026年3月16日）を過ぎても5年以内であれば受け付けてもらえます。「申告を忘れていた」という方も、諦める前に確認してみてください（出典: 国税庁「確定申告特集」）。
年末調整の仕組みや控除の申告漏れが気になる方は、「年末調整でよくある失敗と確定申告との切り分け方」もあわせてご参照ください。
e-Tax申告の事前準備——マイナンバーカードとスマホで何が揃うか
e-Taxとは、国税庁が提供するオンラインの税務申告システムです。インターネットを通じて申告書を作成・送信でき、税務署に出向く必要がありません。
2025年10月以降、新たにe-Taxを利用する方はマイナンバーカードを使った本人確認が原則です。すでにID・パスワード方式の届出を完了している方は引き続き利用できますが、これから始める方はマイナンバーカードの準備から進めてください（出典: 国税庁 e-Tax トップページ）。
マイナンバーカードのパスワードを事前に確認しよう
e-Taxでマイナンバーカードを使うには、2種類のパスワードが必要です。
- 署名用電子証明書のパスワード: 英数字混在・4〜16桁。申告書への電子署名に使います
- 利用者証明用電子証明書のパスワード: 数字4桁。マイナポータルへのログインに使います
どちらも、マイナンバーカードを取得したときに設定したものです。忘れてしまった場合は、お住まいの市区町村の窓口で再設定が必要です。オンラインでの再設定はできませんので、申告期限に余裕をもって確認しておくことをおすすめします。
NFC（近距離無線通信）に対応したスマートフォンがあれば、カードリーダーを別途購入する必要はありません。多くの最近のiPhoneやAndroid端末であればNFCに対応しています。
スマホ申告の対応機種や詳細な準備手順は、国税庁「令和7年分スマホ申告特集」でご確認ください。
PCとスマホ、どちらで申告する？
どちらの端末でも、国税庁の「確定申告書等作成コーナー（https://www.keisan.nta.go.jp/）」から申告書を作成できます。用途に応じて使い分けるとスムーズです。
| 端末 | 向いているケース | 注意点 |
|---|---|---|
| スマホのみ | 給与所得＋医療費控除・ふるさと納税など、シンプルな申告 | 対応ケースに制限がある場合がある |
| PC＋スマホ | 住宅ローン控除1年目など、添付書類が多い申告 | マイナンバーカードの読み取りはスマホで行う |
マイナポータル連携で書類を自動入力する方法
マイナポータル連携とは、各機関が保有する証明書データをまとめて取得し、確定申告書に自動入力する機能です。手作業による転記ミスが減り、申告作業の時間を大幅に短縮できます（出典: 国税庁「マイナポータル連携を利用した自動入力」）。
連携できる主な書類の例を以下に示します。
- 給与所得の源泉徴収票（勤務先が対応している場合）
- 医療費通知情報（健康保険組合・協会けんぽなど）
- ふるさと納税の寄付金受領証明書（対応自治体）
- 社会保険料（国民健康保険・国民年金）の控除証明書
- 生命保険料控除証明書（対応保険会社）
一方で、住宅ローン残高証明書はマイナポータル連携に対応していない金融機関が多いため、紙の書類を手元に用意する必要があります。「連携すれば何でも自動化される」わけではない点は、事前に把握しておきましょう。
連携できる書類・できない書類の見分け方
連携可能かどうかは、勤務先・保険会社・自治体・金融機関の対応状況によって異なります。
国税庁が公開している「マイナポータル連携可能な証明書等発行主体一覧」で、ご自身が利用している機関が対応しているか確認できます。連携できない書類は、紙またはPDFで手元に準備し、申告書作成コーナーで手入力してください。
連携設定のステップ（スマホ版）
マイナポータル連携には事前の設定が必要です。申告書を作成し始める前に、以下の手順で設定を済ませておきましょう。
- スマホに「マイナポータル」アプリをインストールする
- マイナンバーカードをスマホにかざしてログインする
- 「もっとつながる」メニューから各機関との連携に同意する
- e-Taxの確定申告書等作成コーナーで「マイナポータルから情報を取得」を実行する
設定は申告の数週間前に済ませておくと、書類の取得が間に合わないトラブルを防げます。マイナポータル事前準備ページも参考にしてください。
ケース別｜e-Tax確定申告の必要書類と申告手順
ここからが本記事の核心です。会社員がよく直面する4つのケースについて、それぞれ「このケースに当てはまる条件」「必要書類」「入力のポイント」を整理します。自分のケースに該当するセクションを中心に確認してください。
| ケース | 源泉徴収票 | 医療費通知 | 住宅関連書類 | 副業収支 | 寄付金受領証 |
|---|---|---|---|---|---|
| 医療費控除 | ○ | ○ | — | — | — |
| 住宅ローン控除（1年目） | ○ | — | ○（複数） | — | — |
| 副業（20万円超） | ○ | — | — | ○ | — |
| ふるさと納税 | ○ | — | — | — | ○ |
ケース1：医療費控除
当てはまる条件: 本人または生計を一にする家族の医療費合計が、年間10万円を超えた場合（総所得金額が200万円未満の方は、総所得金額の5%を超えた場合）。
医療費控除とは、一定額を超えた医療費を所得から差し引くことで、税負担を軽くする制度です（出典: 国税庁「医療費控除の特集」）。なお、個人の状況により控除額や税効果は異なります。
また、医薬品の購入費が年間12,000円を超えた場合に使える「セルフメディケーション税制（医療費控除の特例）」という選択肢もあります。通常の医療費控除と併用はできないため、どちらが有利かを比較した上で申告してください。詳しくは「医療費控除とセルフメディケーション税制、どちらが有利か」をご参照ください。
必要書類
- 源泉徴収票（会社から交付）
- 医療費通知（マイナポータル連携で自動取得できる場合あり）
- 医療費控除の明細書（連携で取得できない分は手作成）
- 処方箋・領収書など（税務署から求められた場合に備えて5年間保管）
入力のポイント
マイナポータル連携で医療費通知データを取得できた場合、「医療費控除の明細書」の作成が大幅に省力化されます。ただし、連携対象外の医療費（歯科・一部クリニックなど）は手動で追加してください。
交通費（通院のための公共交通機関の実費）も医療費に含めることができます。レシートがない場合も、ICカードの利用履歴などで確認できます。
ケース2：住宅ローン控除（1年目のみ確定申告が必要）
当てはまる条件: 当該年に住宅を取得または増改築し、住宅ローンを利用している（初年度のみ）。
住宅ローン控除（正式名称：住宅借入金等特別控除）は、住宅ローンの年末残高に応じた金額を所得税から差し引く制度です。初年度のみ確定申告が必要で、2年目以降は年末調整で自動的に処理されます（出典: 国税庁「住宅ローン控除の特集」）。
初年度の申告をうっかり忘れると、その年の控除を受けられなくなる場合がありますので、注意してください。なお、控除額や適用条件は取得した住宅の種類・契約時期によって異なります。詳しくは「住宅ローン控除の仕組みと控除額のシミュレーション【2026年分】」をご覧ください。
必要書類
- 源泉徴収票（会社から交付）
- 住宅借入金等特別控除額の計算明細書（申告書作成コーナーで作成可能）
- 登記事項証明書（法務局で取得、オンライン請求可能）
- 売買契約書または工事請負契約書の写し
- 住宅ローンの年末残高証明書（借入先金融機関から送付）
入力のポイント
住宅ローン残高証明書は、多くの金融機関でマイナポータル連携に未対応です。紙の証明書が手元にあることを確認してから申告書の作成に入りましょう。書類の種類が多いため、PC（ブラウザ版の申告書等作成コーナー）での申告が作業しやすい場合があります。
ケース3：副業所得が20万円を超えた
当てはまる条件: 給与以外の所得が年間20万円を超えた場合。
ここで注意が必要なのが「収入」と「所得」の違いです。「収入」とは受け取った金額の合計で、「所得」とは収入から経費を差し引いた金額のことです。判定の基準は所得（収入－経費）が20万円を超えるかどうかです（出典: 国税庁「令和7年分 申告書様式・手引」）。
また、所得が20万円以下であっても、住民税の申告は必要です。お住まいの自治体窓口（市区町村の税務担当部署）に確認してください。副業20万円ルールの詳細な解説と注意点は「副業の確定申告は20万円から？会社員が知っておくべきルール【2026年版】」をご参照ください。
必要書類
- 源泉徴収票（会社から交付）
- 副業の収支がわかる帳簿または収入・支出の明細
- 各種経費の領収書（交通費・消耗品費など）
- 報酬の支払調書（源泉徴収されている場合、発注元から交付）
入力のポイント
副業の種類によって、申告書に記入する所得区分が変わります。継続的なフリーランス業務は「事業所得」、単発の業務や雑多な収入は「雑所得」として計上するのが一般的です。ただし、所得区分の判断は個人の状況や副業の実態によって異なる場合があります。判断に迷う場合は、税務署の相談窓口や税理士に確認してください。
経費として計上できるものの例として、仕事専用に使う通信費の一部・消耗品費・書籍代（業務に直結するもの）などがあります。ただし、経費として認められるかどうかはケースバイケースです。
ケース4：ふるさと納税でワンストップ特例を使わなかった
当てはまる条件: 以下のいずれかに該当する場合。
- 1年間に6自治体以上に寄付をした
- 確定申告が必要な他の事由が生じた（医療費控除・副業申告など）
- ワンストップ特例の申請期限（翌年1月10日）に間に合わなかった
ワンストップ特例とは、5自治体以下への寄付であれば確定申告不要でふるさと納税の控除を受けられる制度です。ただし、確定申告を行う場合はワンストップ特例の申請が無効になるため、改めて確定申告で寄付金控除を申告する必要があります。
ふるさと納税の控除額や仕組みの詳しい解説は「ふるさと納税 ワンストップ特例と確定申告の使い分け完全ガイド【2026年版・会社員向け】」をご参照ください（出典: 国税庁「ふるさと納税の特集」）。
必要書類
- 源泉徴収票（会社から交付）
- 寄付金受領証明書（各自治体から送付、またはマイナポータル連携で取得できる場合あり）
入力のポイント
マイナポータル連携に対応している自治体であれば、寄付金受領証明書のデータを自動取得できます。対応していない自治体の分は、紙の受領証を手元に用意して手動入力してください。寄付をした自治体の数が多い場合は、受領証を自治体ごとに整理しておくと入力作業がスムーズです。
e-Taxで申告書を作成・送信する共通ステップ
4つのケース共通で使う、e-Taxでの申告書作成・送信の基本的な流れを解説します。
ステップ1: 確定申告書等作成コーナーにアクセスする
国税庁「確定申告書等作成コーナー」（https://www.keisan.nta.go.jp/）にアクセスします。「令和7年分の申告書等の作成」を選択してください。
ステップ2: マイナンバーカードでログインする
「マイナンバーカードでログイン」を選択します。スマホのマイナポータルアプリでQRコードを読み取り、マイナンバーカードをスマホにかざして本人確認を行います。
ステップ3: 申告の種類を選択する
「所得税の確定申告書」を選択します。給与所得のある会社員は「給与・年金等の所得のみ」または「給与・年金以外の所得もある」のいずれかを選びます。
ステップ4: 所得・控除を入力する
マイナポータル連携を設定済みの場合は、「連携情報を取得」を実行すると対応書類のデータが自動入力されます。連携できなかった書類は、手元の書類を見ながら手入力してください。
ステップ5: 申告書を送信する
入力内容を確認した後、電子署名を付けて送信します。送信完了後に「受付番号」が発行されます。マイページの「送信した申告書等一覧」から受付状況を確認できます。
申告後の納税・還付はどうなる？
還付がある場合
申告書の「還付される税金の受取場所」欄に、受取口座（金融機関名・口座番号）を正確に登録してください。還付の入金は、e-Taxで申告した場合、おおむね申告後1〜2か月程度が目安とされています（時期により変動あり）。
納税が必要な場合
追加で税金を納める場合の主な方法は以下の通りです。
- ダイレクト納付: 事前に登録した口座から自動引き落とし。e-Taxから手続き可
- クレジットカード納付: 国税クレジットカードお支払いサイト（https://kokuzei.noufu.jp/）で決済。決済手数料あり
- コンビニ納付（QRコード）: 申告書等作成コーナーでQRコードを発行し、コンビニで支払い
- 振替納税: 事前に引き落とし口座を登録しておく方法。申告期限後の一定日に自動引き落とし
申告後のさらなる節税として、iDeCo（個人型確定拠出年金）の活用も選択肢の一つです。iDeCoは掛金が全額所得控除の対象となる制度で、翌年の税負担を抑えることが期待できます。詳しくは「iDeCo上限2026年改正｜会社員4タイプ別・年収別シミュレーション」をご参照ください。
e-Tax申告でよくある失敗・つまずきポイントと対処法
e-Taxで申告する際に多くの方がつまずくポイントと、その対処法をまとめました。
マイナンバーカードのパスワードを忘れていた
申告作業を始めてからパスワードが不明だと気づくと、作業が止まってしまいます。お住まいの市区町村の窓口で再設定が必要です。混雑期（2〜3月）は待ち時間が長くなる場合があるため、1月中に確認しておくと安心です。再設定はオンラインではできません。
連携で書類が取得できなかった
マイナポータル連携の設定が正しく完了していても、書類の発行主体（勤務先・保険会社など）がシステムへのデータ登録を済ませていない場合があります。連携で取得できなかった書類は、紙またはPDFを手元に用意して手入力で対応してください。
送信エラーが発生した
ブラウザやOSのバージョンが古い場合、または推奨環境外のブラウザを使用している場合に送信エラーが起きることがあります。e-Tax トップページの「動作環境」をご確認の上、推奨ブラウザに切り替えてから再度お試しください。
申告後に入力ミスに気づいた
申告後に誤りを発見した場合は、以下のいずれかで対応できます。
- 更正の請求: 払いすぎた税金の返金を求める場合。申告期限から5年以内に手続き可能
- 修正申告: 税金が不足していた場合（追加納税が必要な場合）。気づいた時点で早めに手続きを
いずれも申告書等作成コーナーから手続きできます。
申告期限（3月16日）を過ぎてしまった
令和7年分の申告期限は2026年3月16日（月）です。
- 還付申告の場合: 期限後でも申告できます。ただし還付を受けられる権利は5年で時効になります
- 納税が必要な申告の場合: 期限後に申告すると「無申告加算税」が課される場合があります。また、納付が遅れると「延滞税」が発生する可能性があります。気づいた時点で速やかに申告してください
なお、加算税・延滞税の計算は個人の状況や申告内容によって異なります。詳細は税務署にご確認ください。
よくある質問
会社員でもe-Taxで確定申告できますか？
はい、できます。会社員が医療費控除・住宅ローン控除（初年度）・副業所得・ふるさと納税（ワンストップ特例を使わない場合）のいずれかに該当する場合、e-Taxで確定申告が可能です。マイナンバーカードとNFC対応スマホがあれば、自宅から24時間手続きを完結できます（出典: 国税庁 e-Tax 個人の方向けページ）。
e-TaxでのスマホとPCの申告、どちらが便利ですか？
シンプルな申告（医療費控除・ふるさと納税など）はスマホのみで完結できることが多く、手軽です。住宅ローン控除1年目など書類の種類が多いケースは、PC（ブラウザ版の確定申告書等作成コーナー）で画面を広く使いながら作業するとスムーズです。マイナンバーカードの読み取りはどちらの場合もNFC対応スマホで行います。
マイナポータル連携をすれば、すべての書類が自動入力されますか？
自動入力できる書類の範囲は、勤務先・保険会社・自治体など各機関の対応状況によって異なります。住宅ローン残高証明書は多くの金融機関でまだ連携に対応していないため、紙の書類を手元に用意する必要があります。連携できる機関の一覧は国税庁の公式ページで確認できます。
申告後に入力ミスに気づいた場合はどうすれば良いですか？
払いすぎた税金を取り戻す場合は「更正の請求」（申告期限から5年以内）、税金が不足していた場合は「修正申告」で対応できます。どちらも国税庁の確定申告書等作成コーナーから手続きが可能です。気づいた時点で速やかに対応することをお勧めします。なお、具体的な対応は個人の申告内容によって異なります。
まとめ——e-Tax確定申告はマイナポータル連携の事前設定から始めよう
本記事の内容を整理すると、次のポイントが重要です。
- 申告が必要かどうかを確認する: 医療費・住宅ローン・副業・ふるさと納税のいずれかに該当する年は、自分で申告が必要になります
- マイナンバーカードとパスワードを事前に確認する: 2025年10月以降、新規ユーザーはマイナンバーカードが必須です。パスワードの再設定は余裕をもって対応しましょう
- マイナポータル連携を先に設定する: 連携設定は申告書作成より前に完了している必要があります。申告期間前の1月中に設定しておくのが理想です
- 連携できない書類は紙で準備する: 住宅ローン残高証明書など、連携に対応していない書類は手元に用意してください
- 還付申告は期限後でも5年以内なら可能: 申告期限を過ぎていても諦めずに確認しましょう
e-Taxとマイナポータル連携の対応書類は今後も拡充が続いており、申告のデジタル化は着実に進んでいます。まずはマイナポータルアプリをインストールして、連携設定ができているかを確認するところから始めてみてください。
複雑なケースや申告内容に不安がある場合は、国税庁の「確定申告相談会」（毎年2〜3月に各地の税務署・会場で開催）や、税理士へのご相談をご検討ください。個別の税務判断はご自身の状況によって異なります。
ご利用にあたって
本記事は情報提供を目的としたものであり、特定の金融商品の購入・売却・保有を推奨するものではありません。また、税制・社会保障制度は改正される場合があり、記載内容は執筆時点のものです。最新の情報や個別の取扱いについては、金融庁・国税庁 などの公式サイト、または税理士・ファイナンシャルプランナー等の専門家にご確認ください。
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